Alpesoiseaux

Oiseaux du Vercors et de Rhône-Alpes

Mésange huppée

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Indices de similitude

Le calcul d'un coefficient de similitude permet de quantifier le degré d'association de deux espèces d'oiseaux, ou encore le niveau de similitude entre de deux sites compte tenu de leur avifaune.
On le calcule en comptant les occurences du couple d'espèces considérées.

Espèce 1 Total
Présente Absente
Espèce 2 Présente a b

a + b

Absente c d c + d

Total

a + c

b + d

a + b + c + d
  • Dans ce tableau, N = ( a + b + c + d ) représente le nombre total de relevés.

  • Il y a N1 = (a + c) relevés avec l'espèce 1.

  • Il y a N2 = (a + b) relevés avec l'espèce 2.

  •  Les espèces 1 et 2 sont simultanément présentes dans a relevés (co-occurence).

  • On ne trouve ni l'une ni l'autre dans d relevés (co-absence, qui est écolgiquement non significative).

A priori, plusieurs méthodes de calcul d'indices sont envisageables.

  • L'indice de JACARD représente le nombre de cas de présence simultanée des deux espèces considérées, divisé par le nombre de cas où au moins l'une des deux est présente:
    IJacard = a / (a + b + c).

  • Certains auteurs utilisent aussi l'indice de SORENSEN , assez similaire au précédent, mais qui pondère par 2 le terme de co-occurence (a).
    Isorensen = 2a / (2a + b + c).

  • L'indice de SOKAL et MICHENER représente le nombre de présences ou d'absences simultanées divisé par le nombre total de relevés: 
    ISokal = (a + d ) / (a + b + c + d)
    .

  • Le coefficient de CORRELATION linéaire s'obtient ² la relation:
    R =  (ad - bc) /  (a + b)(c + d)(a + c)(b + d)

    Le terme (ad - bc) représente ici la différence du produit des présences et absences simultannées moins le produit des présences d'une seule espèce à la fois.

Remarquons que la première méthode (Jacard) ne fait intervenir que les relevés dans lesquels au moins une des espèces est présente, à la différence des deux suivantes qui utilisent l'information contenue dans tous les relevés. Cependant, il nous semble préférable de ne pas interpréter les cas d'absence simultanée, non significatifs. C'est pourquoi le procédé de Jaccard à été retenu pour calculer la similarité des districts et des espèces.

Similitude des sites dans le Vercors

Histogramme de distribution des valeurs d'originalité de l'avifaune des sites du Vercors
Cet histogramme de distribution des valeurs d'originalité de l'avifaune des sites du Vercors montre que les sites dont l'originalité avifaunistique cumulée dépasse 26 se font rares.
(Rappelons que les coefficients sont ici tous multipliés par 1000).

Dans le Vercors, l'originalité des sites est associée à des altitudes élevées.
Originalité de l'avifaune et altitude

Similitude des districts en Rhône Alpes

Histogramme de l'originalité en oiseaux des districts de Rhône-Alpes

Avec une échelle d'analyse passant du site au district entier, on observe une distribution des cumuls d'originalité par région assez similaire au cas des sites d'écoute ponctuels du Vercors, avec une distribution assymétrique.
Etant donné que le nombre d'espèces passe de 15 à 100 environ, le cumul est évidemment plus élevé.
Un district se démarque très nettement, les Dombes, avec l' originalité avifaunistique la plus élevée.

Originalité des oiseaux selon le nombre d'espèces du district de Rhône Alpes

Même en prenant en compte l'augmentation du nombre d'espèces qui fait croître l'originalité du district, certains d'entre eux se détachent par leur originalité supérieure à ce que leur seul nombre d'espèces lasserait prévoir.

 
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